Elève d'Olivier Messiaen et de Claude Ballif au Conservatoire de Paris, où il obtient un 1er Prix d'Analyse, Alain Mabit poursuit sa formation instrumentale à l'ENM d'Orsay, auprès d'André Isoir.
Titulaire du CA, il enseigne à partir de 1976 au CNR de Rouen, et dans le cadre de l'UER de Musicologie de l'Université de Haute-Normandie.
Il entre en 1982 comme organiste-claveciniste à l'Ensemble instrumental de Basse-Normandie, pour lequel il effectue de nombreux arrangements et dont il coordonne les collaborations avec des compagnies de théâtre ou de danse.
Professeur d'Analyse (instrumentistes) au CNSMDP depuis 1998, Alain Mabit est également depuis 1999 responsable du département des Disciplines théoriques et de la direction d'orchestre.